Na základe vstupných údajov a charakteristík uložených v pamäti mikroprocesora vypočíta riadiaca jednotka motora čas a moment vstrekovania paliva a prevedie tieto parametre na výstupné signály, ktoré sa používajú na riadenie vstrekovačov paliva. Okrem toho sa výstupné signály používajú aj na riadenie rôznych komponentov a systémov, ako je pohon systému recirkulácie výfukových plynov, riadenie relé palivového čerpadla, ventilátor chladiča, predhrievač motora a klimatizácia. Pohony sú chránené pred skratmi a prerušeniami elektrických obvodov a akékoľvek poškodenie sa zaznamenáva do pamäte mikroprocesora. Mnoho výstupných signálov sa používa v iných systémoch vozidiel.
Najväčšie zaťaženie výstupných fáz ECU je poskytovaná vstrekovačmi paliva. Prúd výstupného stupňa vytvára magnetické pole v solenoidovom ventile vstrekovača, ktoré je aplikované na vysokotlakovú časť vstrekovača paliva. Aby sa zabezpečilo vstreknutie presného množstva paliva, musí sa vstrekovač otvoriť veľmi rýchlo, čo vyžaduje, aby riadiaca jednotka motora dodávala vysoké napätie. Riadiaci obvod vstrekovača paliva má dve fázy: fázu otvárania charakterizovanú vysokou spotrebou prúdu a fázu udržiavania charakterizovanú nízkou spotrebou prúdu.
ECU spĺňa vysoké požiadavky na:
- vystavenie okolitým teplotám v rozsahu –40...+85°C;
- odolnosť voči palivám a mazivám;
- odolnosť voči vlhkosti;
- mechanické zaťaženia.
ECU je tiež elektromagnetický kompatibilné (EMC) a má nízku úroveň vyžarované rušenie.